Μια από τις κύριες αρμοδιότητες της Μονάδας Ευρωπαϊκών Ταμείων, ως Υπεύθυνης Αρχής των Ταμείων Εσωτερικών Υποθέσεων, είναι η διοργάνωση και δημοσίευση των προσκλήσεων για υποβολή προτάσεων από ενδιαφερόμενους φορείς για χρηματοδότηση έργων, καθώς και η διοργάνωση και δημοσίευση της επακόλουθης επιλογής των τελικών δικαιούχων και της ανάθεσης έργων προς χρηματοδότηση, στο πλαίσιο του Εθνικού Προγράμματος και σύμφωνα με τους στόχους των ειδικών κανονισμών που αναφέρονται στο άρθρο 2 (α) του Κανονισμού (ΕΕ) αριθ. 514/2014 και με τα κριτήρια που ορίζονται στο άρθρο 9 του κατ' εξουσιοδότηση Κανονισμού (ΕΕ) αριθ. 1042/2014.
Στο πλαίσιο της Προγραμματικής Περιόδου 2014-2020 η Μονάδα Ευρωπαϊκών Ταμείων διοργάνωσε συνολικά έξι προσκλήσεις για υποβολή προτάσεων.