Το Ταμείο Θήρας ιδρύθηκε με Νόμο το 1990, Ν. 158/90, αφού τελεσφόρησαν οι προσπάθειες αρκετών ετών των οργανωμένων κυνηγών (Κ.Ο.Κ & Δ.Α.Ζ) που στόχο είχαν τα χρήματα, που καταβάλλονταν στο Κράτος μέσω της ανανέωσης των αδειών κυνηγίου, να προορίζονται για την προστασία και τη διαχείριση των θηραμάτων και της άγριας πανίδας του τόπου και όχι σε άλλους άσχετους με το κυνήγι και την πανίδα τομείς.
Όπως είναι γνωστό, σύμφωνα με τις πρόνοιες της πιο πάνω νομοθεσίας, της Διαχειριστικής Επιτροπής του Ταμείου Θήρας προεδρεύει ο εκάστοτε Γενικός Διευθυντής του Υπουργείου Εσωτερικών και μέλη της είναι ο Διευθυντής του Γραφείου Προγραμματισμού ή εκπρόσωπος του, ο Γενικός Λογιστής του Κράτους ή εκπρόσωπος του και τρεις εκπρόσωποι της Κ.Ο.Κ & Δ.Α.Ζ. Ο νομοθέτης αποφάσισε την εν λόγω σύνθεση με σκοπό τα χρήματα που καταβάλλονται από τους κυνηγούς μέσω της ανανέωσης των αδειών κυνηγίου, τα οποία είναι και ο κύριος οικονομικός πόρος του Ταμείου Θήρας, να συνδιαχειρίζονται από το Κράτος και τους οργανωμένους κυνηγούς.
Καμία δαπάνη του Ταμείου Θήρας δεν καταβάλλεται εάν δεν προβλέπεται στον Προϋπολογισμό του Ταμείου Θήρας. Ο Προϋπολογισμός του Ταμείου Θήρας, σύμφωνα και με τη σχετική νομοθεσία ,καταρτίζεται από τη Διαχειριστική Επιτροπή του Ταμείου Θήρας, εγκρίνεται από το Υπουργικό Συμβούλιο και ψηφίζεται σε νόμο από τη Βουλή των Αντιπροσώπων. Το Ταμείο τελεί υπό τη φύλαξη του Γενικού Λογιστή, ο οποίος τηρεί τους αναγκαίους λογαριασμούς, εκδίδει τις αναγκαίες αποδείξεις και προβαίνει στις εγκρινόμενες από την Επιτροπή, πληρωμές. Οι λογαριασμοί του Ταμείου καταρτίζονται το αργότερο μέχρι τις 30 Απριλίου του αμέσως επόμενου οικονομικού έτους στο οποίο αναφέρονται και ελέγχονται από το Γενικό Ελεγκτή. Η Επιτροπή αποστέλλει στον Υπουργό Οικονομικών αντίγραφο της ετήσιας κατάστασης των λογαριασμών που ελέγχθηκαν μαζί με την έκθεση του Γενικού Ελεγκτή. Αντίγραφο της ετήσιας κατάστασης λογαριασμών του Ταμείου και της έκθεσης του Γενικού Ελεγκτή κατατίθενται από τον Υπουργό Οικονομικών στη Βουλή των Αντιπροσώπων και δημοσιεύονται στην Επίσημη Εφημερίδα της Δημοκρατίας. Επίσης, σύμφωνα πάντα με τον Νόμο 158/90, το Ταμείο Θήρας τελεί κάτω από την επίβλεψη και καθοδήγηση του Υπουργού Εσωτερικών.